Après avoir dressé l’état initial du site, le DOCOB définit les actions à conduire pour atteindre les objectifs de bon état de conservation des habitats et des espèces présents.
Des mesures contractuelles permettent la mise en œuvre concrète des actions prévues par le DOCOB. Elles peuvent prendre la forme :

• d’un contrat Natura 2000 (contrat forestiers ou non-agricole/non forestier),
• de mesures agro-environnementales territorialisées (MA.E.T.),
• d’une charte Natura 2000

D’autres actions visent à assurer la vie des sites Natura 2000 : les opérateurs sont, par exemple, régulièrement amenés à mettre en œuvre des actions de communication et de sensibilisation auprès de publics divers.
Par ailleurs, l’état de conservation des habitats naturels et des espèces doit être régulièrement évalué pour permettre de faire le bilan de la mise en œuvre des actions prévues par le DOCOB. Cette démarche répond par ailleurs aux obligations prévues par les directives européennes.